Het archeologisch onderzoek in het schip heeft zeer interessante gegevens opgeleverd over de vroege geschiedenis van de Stefanuskerk. Archeoloog Pieter den Hengst: “Parallel aan de zuidwand van het schip ligt een rij grote veldkeien, die mogelijk de fundering vormde van de romaanse kerk die hier gestaan kan hebben voordat de huidige  – gotische – kerk in de 15de eeuw verrees. Het gebouw zal ook van baksteen zijn geweest en niet van tufsteen omdat daarvan geen enkel brokstuk is gevonden.”

Op een dieper niveau zijn er plaatselijk twee op elkaar liggende leemlagen gevonden. Den Hengst: “Deze lagen zijn geïnterpreteerd als de vloeren van één of twee houten kerken die hier stonden voordat de romaanse kerk werd gebouwd. De onderste vloer is aan de bovenkant zwart geblakerd en bovendien direct daaronder oranje gekleurd. Dit wijst op een hevige brand in het kerkje. Na de brand werd de kerk gerepareerd of geheel herbouwd en werd de bovenste vloer aangelegd.

Beide vloeren zijn sterk gefragmenteerd wat volgens de archeoloog vooral het gevolg is van de vele begravingen die in de kerk plaats vonden. Verspreid door de kerk werden talrijke resten van menselijke skeletten aangetroffen; de bodem is echter zodanig verstoord dat geen complete skeletten gezien zijn. De botten zullen mogelijk te zijner tijd op passende wijze herbegraven worden.